公元1602年，经德川家康将军之令，从西本愿寺独立后创立。寺内占地面积广大，排列着巨大的伽蓝，位于中心的御影堂是世界最大级木结构建筑物。今天的东本愿寺在江户时代曾遭大火，於明治年间重建，其正门「大师堂门」被称为京都三大门之一，高76公尺，宽58公尺，寺院内的御影堂是世界最大级之一 .
东本愿寺的拂尘日是世界上最浩大的清扫场面。从上午七时起，数百名义工开始清扫塌塌米，擦拭柱子与台阶，刷掉一年积累下来的尘埃。
