药山位于巧家县境内。金沙江和牛栏江环山而过。药山山体面积220平方公里，主峰金顶山海拔4042米，雄踞于昭通群峰之上。
由于受北—东向构成控制发育成型，药山走向近于北—东。西坡地势陡峭，悬崖绝壁从两江汇流的谷地中凌宵而起，柱地擎天，高不可攀。南坡地势较为平缓，药山自然保护区的主要林区，诡异瑰丽的高山岩溶景观都集中在这一片。
药山被以乌蒙冷杉为主的针页林和以高山栎为主的常绿阔叶林构成的原始森林覆盖。天然林的葱郁，为野生药材、珍稀植物生长和野生动物生息繁衍创造了良好的条件。药山本因出厂各种药材而得名，著名的野生药材有柴胡、党参、贝母、天麻、虫草、黄芪、草乌、防风、龙胆草、仙茅参、刺参、黄连等药，在中药市场素享盛名；野生动物如虎、豹、熊、豺、牛羚、野猪、金猫等，出没林莽杂丛间；而大面积的珙桐群落，更是国内外罕见的奇观。
