马祖主要区分6大岛屿，其中，南竿为行政中心，北竿以芹壁闻名，南、北竿两岛均设有机场，交通较方便，马祖旅游可以此两岛为出发点。位于南北竿北方约莫2小时船程的岛屿为东引及西引，东、西引以地质景观闻名。位于南北竿南方约莫1小时船程的则是东莒与西莒，以古迹及沙滩闻名，此外，尚有遍布周遭的大坵、小坵、高登等20多个小岛屿，是夏季时分最适合赏燕鸥的地方。
前往马祖旅游，大致可有几个重点主题，包含人文建筑史迹之旅、军事与地质景观之旅、生态赏鸟之旅、美食海鲜之旅，以及悠闲赏景之旅。
由于马祖各岛间船班不多，在选择这些旅游主题时，宜以交通考量为主，一次不要安排太多岛屿，也不要走马看花跑太多地方，最好就是选一个岛，住个一两天，这样才能体验那种岛屿闲情。马祖的好玩，正在于那种与台湾本岛闽南、外省、原住民完全不同的闽东性格、建筑、饮食与文化，特别马祖人大多讲福州话，更有着那种异样文化感觉。
目前马祖各岛屿均有一些住宿地点，但设备均只差强人意，部分民宿也多采取共享卫浴，这点要有心理准备，不过，也有如芹壁民宿、牛角民宿、日光海岸民宿等相当具特色的住宿地点，值得体验。岛上交通可以选择租车、摩托车、单车、走路，或是体验辣妹出租车均可。一般而言，马祖民生物资售价都略高于台湾本岛，但如为当地生产食品、海鲜，则不在此限。
