佳木斯大学是1995年6月27日，经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学四所学校合并组成。1996年11月15日，省委任命张少杰为党委书记、吕学诜为校长，组成新佳木斯大学领导班子。1996年11月21日，佳木斯大学正式挂牌启动。2000年5月、2003年5月、12月佳木斯市粮食干校、富锦师范学校、黑龙江省理工学校相继并入。
合并前的四所院校，有两所建于建国前。佳木斯医学院前身是1947年成立的合江军区卫生干部学校，1958年学校成为本科院校，1980年开始招收硕士研究生；佳木斯师范专科学校成立于1949年，原为佳木斯师范学校，1978年升格为佳木斯师范专科学校；佳木斯工学院成立于1958年，是黑龙江省第一所以农机专业为主的工科本科院校；原佳木斯大学成立于1985年，为市属地方职业大学。
九年来，学校占地面积由88万平方米发展到149万平方米，建筑面积由35万平方米增到84.13万平方米（含职工住宅）。固定资产总值由1.2亿元增加到7.5亿元，其中教学仪器设备总值由2200万元增加到1.37亿元。学校藏书量由70余万册增到298万册（含电子图书82.62万册）。硕士学位授权点由9个增加到21个。在校生由8000多名增加到25109名。学生由以专科为主发展到以本科为主，生源由主要来自本省发展到来自全国30个省（市）、自治区，其中外省学生已达在校生的三分之一。本科毕业生一次性就业率连续三年位居全省本科院校前六位，2004年达到91.5%。
九年来，学校把合校前隶属关系不同、学科专业设置不同的四所院校整合为21个学院，2个直属系，75个本专科专业。专业设置覆盖了文学、理学、工学、医学、农学、法学、经济学、教育学、历史学、管理学十大学科门类。其中有省级重点学科4个、省级重点专业6个、省级重点课程12门、国家高职高专教学示范试点专业1个、省级重点实验室1个。合校以来,累计培养各级各类人才2.8万余名。
学校现有四个中心、32个研究所（室），卫生部康复人才培训中心和黑龙江省全科医学培训中心也坐落在我校。学校还有三个附属医院、附属中小学和两个附属工厂，其中，第一附属医院是国家三级甲等医院和黑龙江省东部地区最大的医疗救治中心，第二附属医院同时是全省规模最大的以治疗口腔疾病为主的医院，第三附属医院是国内知名的小儿脑瘫疗育中心。学校建立了覆盖全校的校园宽带网和佳木斯大学网站，编辑出版的《佳木斯大学社会科学学报》、《佳木斯大学自然科学学报》、《黑龙江医药科学》在国内外公开发行。
九年来，学校教职工发展到5080人，正高职342人，副高职933人，具有博士学位32人、硕士学位398人，其中校本部教职工3183人，专任教师为1385人，教授184人，副教授406人。先后取得科研成果近200余项，获国家、省级科技进步奖120余项；获国家自然基金项目2项，教育部重点项目4项，卫生部重点项目2项，省级研究项目235项。镶铸截齿技术填补了国内空白；脑瘫治疗水平处于国内领先地位；我校研发的乳腺康成为畅销全国的品牌产品。近三年发表学术论文1791篇，其中国家级498篇、省级1255篇，四大检索38篇。
九年来，学校党委连续三次被省委授予先进基层党组织称号，我校先后荣获全国大中专学生志愿者社会实践活动先进单位、全国学校及周边治安综合治理工作先进集体、省级文明单位标兵、全省“三五”普法标兵单位等一系列荣誉称号，2004年成功地举办了黑龙江省第十三届大学生运动会，并获金牌总数第一名，田径总分第一名。九度春秋，学校经历了三个阶段的跨越式发展：
第一阶段，从1996年加入全国首批高校管理体制改革到1999年合校三周年庆典，学校坚持“积极、审慎、团结、稳定”的合校方针，顺利实现学科群调整，深化干部人事制度改革，实行校院两级管理，由合校到合心，胜利完成实质性合校。
第二阶段，从2000年到2002年，学校抓住我国高等教育由精英化向大众化战略转变的机遇，抢抓机遇，加快发展，办学规模不断扩大，办学条件得到较大改善，各项事业蓬勃发展。
第三阶段，从2003年至今，学校以国家本科教学工作水平评估为契机，坚持走内涵发展道路，全面提高教育教学质量，办学规模、结构、质量、效益协调发展。
经过九年来三个阶段的快速发展，学校现已成为黑龙江省省属高校中规模较大、学科齐全、人才全面素质培养实力较强，融研究生教育、普通高等教育、继续教育、职业技术教育于一体的省属重点建设的综合性大学。
