福建中医学院创建于1958年，是我国创办最早的高等中医药院校之一。学校地处历史文化名城、福建省省会城市福州，五四路校区占地面积171亩；大学城校区占地面积1080多亩。学校主体现已迁到大学城校区，已有近5000名学生入驻。 
学校是福建省培养高级中医药人才的基地和全省中医药教育、医疗和科研的中心，建校近50年来，为国家培养和输送了大量各级各类中医药专门人才。
学校设有9个系(部)，4个二级学院，现有七年制中医学、五年制中医学、针灸推拿学、临床医学、中西医临床医学、护理学、药学、中药学、药物制剂、公共事业管理、应用心理学等16个本科专业（含方向），有中西医结合护理、药品营销、中医美容和口腔医学等8个高职层次专业，涵盖医学、管理学、理学三大学科门类。现在校各类学生9000多人，其中研究生近600人，普通本专科生7000多人。
学校现有附属医院5所（非直属附属医院3所），共有床位数2500张，其中附属人民医院为三级甲等医院。另外还建立了医教研一体化的临床教学基地网络，拥有教学医院19家、实习医院13家。学校还有福建省中医药研究院、福建中西医结合研究院、国医堂和福州屏山制药厂等附属机构。
学校坚持以学科建设为龙头，大力加强学科建设。我校的中医骨伤科学专业和中西医临床医学专业为全国首创专业。中医骨伤科学为国家中医药管理局重点学科，也是福建省“211工程”重点建设学科。目前全校有1个国家重点学科、1个福建省重点扶持学科、4个全国继续教育基地、7个福建省重点学科、3门福建省精品课程、2门福建省优质硕士学位课程立项；6门福建省精品课程立项。学校现有2个博士授权点，15个硕士授权点,2个高校教师在职攻读硕士学位专业，是有权开展临床医学专业学位工作单位，是有权免试推荐优秀应届本科毕业生为硕士生的中医院校之一，也是具有开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位的单位。
2002年12月，国家教育部对学校本科教学工作进行评估，评估结论确定为“优秀”。
2003年，福建省政府启动以学科建设为核心的重点高校建设，学校被列为福建省重点建设的8所高校之一。为配合省重点建设高校建设项目，学校形成了“集中力量，重点突破，带动整体”的学科建设思路，突出中医药优势，凝炼了一批重点学科和学科方向，确定中医学（含中医骨伤科学）、中西医结合、中药学等学科为重点建设学科，并以此带动护理学、心理学、情报学、管理学等学科的共同发展。
学校围绕学科建设，积极开展科学研究，拥有一批在全国居于领先地位的项目，如中医经络研究、中医骨伤科学基础研究、中西医结合老年病研究、中医证型研究、白内障基础与临床研究、中草药规范化种植与开发利用、中医药信息研究等。学校拥有2个国家（局级）三级科研实验室，15个二级实验室，3个省级重点实验室；拥有1个卫生部临床药理基地，3个国家中医药管理局局级重点专科、专病中心，13个省级重点专科。5年来，学校共中标国家级项目（含国家教育部、中管局、药监局项目）22项，获省部级以上科技奖励24项，在研科研经费2084万元。此外，出版学术专著70部，其中被SCI收录和引用近20篇。学校出版有《福建中医学院学报》、《福建中医药》、《高等中医教育研究》等学术期刊。
学校十分重视师资队伍建设，特别把学科带头人的培养和学术梯队建设作为重中之重，建立了一支年龄结构、学历结构、学位结构、职称结构和学缘结构较为合理的专业技术队伍。目前，全校教职医护员工近2000人（含附属单位），具有副高以上职称的专业技术人员300多名，其中正高100多名，博士研究生导师16名、硕士生导师215名；在35岁以下的专业技术人员中，具有硕士以上学位的约占60%，其中中医药主干学科达86%；有国家级名老中医学术继承人指导老师14名，国家有突出贡献的中青年专家3名，福建省优秀专家10人，享受国务院津贴专家44人。
在办学条件方面，学校两个校区共有建筑面积21万平方米，固定资产总值5亿多元，800元以上教学仪器设备总值6072万元。学校图书馆拥有包括文献资源、电子资源和网络资源在内的馆藏体系，具备新一代的网络存储架构“SAN架构”，存储容量达到9TB。目前馆藏图书达53.6万册，其中电子图书15万册，台湾中医药图书3000余册。图书馆也是中国中医药文献检索中心福建分中心、福建省中医药文献信息检索中心。 
在对外对台教育与交流方面，学校利用中医药特色和地理优势，积极开展对外教育和交流，构建了多层次、多形式、宽领域的对外对台合作框架，对台教育与交流成为学校的办学特色。我校从1988年起招收台湾学生，是全国第一个招收台湾学生的中医药院校。目前，我校在校台港澳学生以及外国留学生共有200多名。学校还与美、德、奥、日、韩、新、马、泰等二十几个国家和台港澳等地区开展了经常性的考察、讲学、医疗和学术交流活动，扩大了学校在海外的影响，为中医药走向世界做出了贡献。
在精神文明建设方面，学校深入持久地开展创建文明学校的活动，注重提高师生的思想素质和文明素养，营造良好的校风、学风，全面推进素质教育。从1998至今，学校已连续三届被福建省委、省政府授予福建省“文明学校”称号。
在新的发展阶段，学校进一步更新观念，与时俱进，锐意改革，开拓进取，朝着把学校建设成为以中医药教育为主体，多学科协调发展；以本科教学为基础，积极发展研究生教育；立足福建省、面向台港澳、面向东南亚、面向全世界，具有鲜明办学特色的一流中医药大学的奋斗目标前进。
