中山医学院校本部大楼坐落于中山二路，今中山医科大学内，始建于1916年冬，竣工于1918年3月，用作创办于1909年春的私立广东公医医学专门学校的新校舍及附属医院用房。此前该校在广州长堤潮音街口，租赁公理会房屋作校舍，公医院则在长堤天海楼。该校迁移到当时百子岗新校址后，现图书馆前楼为当时的校舍，现办公大楼为当时的附属医院。1924年私立广东公医医学专门学校改称广东公立医科大学，1925年6月归并广东大学改为广东大学医科，1926年广东大学医科改名为中山大学医学院，1953年8月中山大学医学院与岭南大学医学院合并为华南医学院，1954年8月广东光华医学院合并到华南医学院，1956年9月改称广州医学院，1957年3月改名中山医学院，1985年6月更名为中山医科大学。
中山医学院校本部大楼是广州市现存民国初期建造、体现中西合璧建筑技术、为数不多的具有历史纪念意义的建筑之一。在经历近一个世纪的风雨沧桑后，建筑物仍较完整地保存下来，实属不易。它见证了我国早期西医院校在岭南地区的历史沿革和发展，从一个侧面反映出广州作为中国最早对外开放的通商口岸，率先引入西文近现代医学教育观念与办学模式的足迹，更折射出中山医科大学及其前身一代又一代教师为发展祖国医学教育事业锲而不舍精神的亮光。院本部大楼1999年被列为广州市文物保护单位，这将更丰富该校的人文资源和爱国主义教育资源，有利于优化素质培养的育人环境，同时也为广州市这个有2000多年历史的著名历史文化名城增添独特的光彩。
